A biológiai szűrés jelensége analóg az abszorpciós megkötés jelenségével. A szennyező molekulák most nem a pórusokba, hanem elsőkörben a biofilmbe diffundálnak. A diffúziós mozgást itt is a koncentráció különbség hajtja. A biofilmen belül a molekulák enzimkatalizációs elbomlása zajlik. A vízzé és szén-dioxiddá történő lebomlás következtében az eredeti szennyező molekula koncentrációja lenullázódik, a koncentrációkülönbség újratermelődik. Az aktívszén, mint biofilmhordozó eltömődése a szennyező molekulák elbomlása következtében ritkább lesz, mert a pórusokat a bomlástermékek nem terhelik.